Skip to content
Sections
>> Trisquel >> Paket >> ecne (12.0LTS) >> python >> python3-cyvcf2
[  aramo  ] [  ecne  ] [  ecne-updates  ] [  xolotl  ]
[ Källkod: cyvcf2  ]

Paket: python3-cyvcf2 (0.30.28-1build2)

VCF parser based on htslib (Python 3)

This modules allows fast parsing of VCF and BCF including region-queries with Python. This is essential for efficient analyses of nucleotide variation with Python on high-throughput sequencing data.

cyvcf2 is a cython wrapper around htslib. Attributes like variant.gt_ref_depths return a numpy array directly so they are immediately ready for downstream use.

This package installs the library for Python 3.

Andra paket besläktade med python3-cyvcf2

  • beror
  • rekommenderar
  • föreslår
  • dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]
    GNU C Library: Shared libraries
    också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6-udeb
    dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]
    dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]
    dep: libc6 (>= 2.7) [armhf]
  • dep: libhts3t64 (>= 1.17)
    C library for high-throughput sequencing data formats
  • dep: python3
    interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
    dep: python3 (<< 3.13)
    dep: python3 (>= 3.12~)
  • dep: python3-click
    Wrapper around optparse for command line utilities - Python 3.x
  • dep: python3-coloredlogs
    colored terminal output for Python 3's logging module
  • dep: python3-numpy (>= 1:1.25.0)
    Fast array facility to the Python language (Python 3)
  • dep: python3-numpy-abi9
    virtuellt paket som tillhandahålls av python3-numpy

Hämta python3-cyvcf2

Hämtningar för alla tillgängliga arkitekturer
Arkitektur Paketstorlek Installerad storlek Filer
amd64 827,8 kbyte4834 kbyte [filförteckning]
arm64 809,3 kbyte4773 kbyte [filförteckning]
armhf 807,4 kbyte4553 kbyte [filförteckning]
ppc64el 857,4 kbyte5029 kbyte [filförteckning]
riscv64 502,2 kbyte3705 kbyte [filförteckning]